Mastering Python for Bioinformatics pdf

Ken Youens Clark travaille comme ingénieur de données au Critical Path Institute, où il aide les partenaires de l'industrie, du milieu universitaire et du gouvernement à trouver de nouveaux traitements médicamenteux pour des maladies allant du cancer et de la tuberculose à des milliers de maladies rares. Sa carrière en bioinformatique a commencé en 2001 lorsqu'il a rejoint un projet de génomique végétale au Cold Spring Harbor Laboratory sous la direction du Dr Lincoln Stein, un éminent auteur de livres et de modules en Perl et un des premiers défenseurs des logiciels ouverts, des données et de la science. En 2014, Ken a déménagé à Tucson, en Arizona, pour travailler en tant que programmeur scientifique principal à l'Université de l'Arizona, où il a obtenu une maîtrise en génie des biosystèmes en 2019. Pendant son séjour à l'UA, Ken a aimé enseigner les compétences en programmation et en bioinformatique et a utilisé certaines de ces idées. dans son premier livre, Tiny Python Projects (Manning, 2020), qui utilise une approche de développement pilotée par les tests pour enseigner Python.

Mastering Python for Bioinformatics pdf par Ken Youens Clark

How to Write Flexible, Documented, Tested Python Code for Research Computing

Life scientists today urgently need training in bioinformatics skills. Too many bioinformatics programs are poorly written and barely maintained usually by students and researchers who've never learned basic programming skills.

This practical guide shows postdoc bioinformatics professionals and students how to exploit the best parts of Python to solve problems in biology while creating documented, tested, reproducible software.

Ken Youens Clark, author of Tiny Python Projects (Manning), demonstrates not only how to write effective Python code but also:

• how to use tests to write and refactor scientific programs.
• learn the latest Python features and tools including linters, formatters, type checkers, and tests to create documented and tested programs.
• tackle 14 challenges at Rosalind, a problem solving platform for learning bioinformatics and programming.
• Create command-line Python programs to document and validate parameters.
• Write tests to verify refactor programs and confirm they're correct.
• Address bioinformatics ideas using Python data structures and modules such as Biopython.
• Create reproducible shortcuts and workflows using makefiles.
• Parse essential bioinformatics file formats such as FASTA and FASTQ.
• Find patterns of text using regular expressions.
• Use higher-order functions in Python like filter(), map(), and reduce().