Reproducible Bioinformatics with Python pdf

Ken Youens Clark travaille comme ingénieur de données au Critical Path Institute, où il aide les partenaires de l'industrie, du milieu universitaire et du gouvernement à trouver de nouveaux traitements médicamenteux pour des maladies allant du cancer et de la tuberculose à des milliers de maladies rares. Sa carrière en bioinformatique a commencé en 2001 lorsqu'il a rejoint un projet de génomique végétale au Cold Spring Harbor Laboratory sous la direction du Dr Lincoln Stein, un éminent auteur de livres et de modules en Perl et un des premiers défenseurs des logiciels ouverts, des données et de la science. En 2014, Ken a déménagé à Tucson, en Arizona, pour travailler en tant que programmeur scientifique principal à l'Université de l'Arizona, où il a obtenu une maîtrise en génie des biosystèmes en 2019. Pendant son séjour à l'UA, Ken a aimé enseigner les compétences en programmation et en bioinformatique et a utilisé certaines de ces idées. dans son premier livre, Tiny Python Projects (Manning, 2020), qui utilise une approche de développement pilotée par les tests pour enseigner Python.

Reproducible Bioinformatics with Python pdf par Ken Youens Clark

Life scientists today urgently need training in bioinformatics skills. Too many bioinformatics programs are poorly written and barely maintained--usually by students and postdoc researchers who've never learned basic programming skills. This practical guide shows how to exploit the best parts of Python for solving problems in biology while also creating documented, tested, reproducible software.

Ken Youens-Clark, author of Tiny Python Projects (Manning), demonstrates how to write effective Python code and how to use tests to write and refactor scientific programs. You'll learn the latest Python features and tools--such as linters, formatters, type checkers, and tests--to write documented and tested programs.